かつて、突如として现れた正体不明の敌・アンノウン。 「超进化鉄道开発机构」通称「ERDA（エルダ）」は、対抗手段として新干线が変形するロボット「シンカリオン」を开発し、胁威に备えていた。 「何かを守れる、カッコイイ人に…僕は…」 中学2年生の大成タイセイは、2年前に失踪した姉の手がかりを求めて、进开学园中等部に転入する。 その矢先、10年ぶりにアンノウンが出现。偶然にもタイセイがシンカリオン运転士として高い适性値を持つことが判明し、闘う决断を迫られることとなる。 アンノウンの正体、そして目的は何なのか…。闘いの末に见えてきた真実とは…。 少年たちの决意と成长の物语が、今、始まる―。